Данные АИС берутся из нескольких источников.
Во-первых, это сведения о параметрах окружающей среды, предоставляемые предприятиями при проведении объектного мониторинга состояния недр. Загрузка таких данных в систему АИС может производиться вручную или с помощью автоматического импорта. Во-вторых, это картографическая информация. В-третьих, сведения из различных документов: аналитических отчетов и докладов.
Система имеет распределенную структуру с Центральным узлом, установленным в «Гидроспецгеологии», и автономными абонентскими пунктами, расположенными на 55 предприятиях Росатома.
На абонентских пунктах используются два варианта конфигурации АИС. Сетевая конфигурация применяется, если на предприятии есть локальная вычислительная сеть, в ней фигурируют большие объемы информации, а результаты мониторинга поступают в несколько подразделений. Локальная конфигурация применяется, если на предприятии нет локальной вычислительной сети, объем информации небольшой, а результаты мониторинга находятся в одном подразделении или у одного сотрудника.
На абонентских пунктах происходят сбор, хранение и обработка результатов мониторинга подземных и поверхностных вод, формируется отчетность, информация передается в Центральный узел.
При наступлении регламентного срока или запросе из Центра предприятие направляет по защищенным каналам выгрузку базы данных.