Королевская академия наук
Лиссабонская Королевская академия наук была создана в 1779 году с целью развития наук в Португалии. Это случилось столетием позднее создания Королевского общества (1662) в Лондоне и Королевской академии наук (1666) в Париже, которые стали образцами для подражания.
Учреждение было разделено на три отделения: наук, в основе которых лежат наблюдения: метеорология, химия, анатомия, ботаника и естественная история; наук, в основе которых лежат вычисления: арифметика, алгебра, геометрия, механика и астрономия; а также отделение изящной словесности, занятое изучением португальской литературы. При академии имелись обсерватория, химическая лаборатория и два музея естественной истории.
Членами академии могли стать те, кто имел научные заслуги, независимо от сословия: так, ко времени возвращения де Андрады из научного путешествия в ней состояли король, священник, натуралисты, землевладельцы, министр, учителя и поселенцы заморских колоний.
Общей задачей академии было построение в Португалии просвещенного общества, а одной из конкретных — преодоление экономического разрыва между Португалией и другими странами; академия публиковала ученые записки, пособия по минералогии, сельскому хозяйству и экономике, а также исследования по разведению хлопка, олив, винограда и других культур.
Одну из задач науки натуралисты академии видели в том, чтобы изучить природу колоний; с этой целью следовало собрать ее образцы в ботанических садах и музеях естественной истории, препарировать и классифицировать их. В тропической природе колоний власти видели источник богатства, который должен был внести вклад в индустриализацию страны.
На родине Жозе Бонифасиу де Андрада опубликовал несколько научных статей. «Хорошая, правильная наука», по его мнению, не ограничивается познанием; она преобразует реальность и приносит пользу обществу. Неотложными задачами науки он считал социальные: поиск средств борьбы с болезнями, внедрение новых культур, удешевление пищевых продуктов.
В Португалии опубликованы научные записки Жозе Бонифасиу де Андрады и Силвы, в которых нераздельно переплетены экономика, политика и наука. Они в свое время стали частью государственного плана по преодолению кризиса. Философская диссертация де Андрады посвящена теоретическим размышлениям о формировании земной коры, но куда сильнее его интересовал экономический потенциал полезных ископаемых.